Aquassistance souhaite développer les projets autour de la problématique des déchets, qui font appel aux compétences de ses membres, salariés ou retraités de ce domaine. Plusieurs projets sont en cours en Afrique, en collaboration avec des ONG du Nord et du Sud, pour aider les communes à choisir la solution technique la plus adaptée au contexte économique et socioculturel.

A Koungheul, ville sénégalaise de 23.000 habitants, Aquassistance travaille en coopération avec l’ONG Eau Vive à la mise en place d'une collecte en porte à porte par charrettes et ânes, la création de points-relais et d'une décharge. Dans une autre ville du Sénégal, Tambacounda, le projet porte sur la création d'une décharge.

A Kamenge une mission a eu lieu en septembre 2013 à la demande de l’association des veuves du Burundi. Elle visait la formation et la sensibilisation de comités de femmes pour la mise en place d'une collecte des déchets, en appui de la Coopération Technique Belge.

Enfin, l’expertise d’Aquassistance a été demandée par le Gret dans le cadre d’un dispositif test de gestion des ordures ménagères à Dolisie, troisième ville de la République du Congo. Il s’agit de valider un système de pré-collecte et d’aménager une aire de transfert des ordures ménagères.